Возникла такая проблема - в конфиге MySQL выставил путь для записи временных таблиц отличный от стандартного /tmp и выставил соответствующие права на запись в новый каталог. Но MySQL не стартовал ругаясь на отсутствие прав на запись. Долго думал пока не вспомнил про Apparmor.
И правда - в конфиге apparmor был профиль для демона MySQL. Проблема решилась дописыванием в конфиг нового каталога и service apparmor reload.
В Ubuntu 14.04 конфиг лежит тут: /etc/apparmor.d/usr.sbin.mysqld