Есть два распространенных варианта:
Для этого можно воспользоваться богатыми воможностями apt.
Вот так можно посмотреть список измененных файлов с времени последнего коммита:
Установка модуля/темы
2 варианта.
Если есть ssh-доступ на сервер хостера, есть желание рулить Drupal-сайтом из drush и нет прав на установку ПО то в этой ситуации все равно можно выкрутиться.