В некоторых случаях GUI-программы написанные на java в Linux выглядят ужасно. Особенно по части шрифтов. В качестве решения можно попробовать запустить программу используя другой JDK.
А для того чтобы посмотреть что получится просто запустить все в докере на нужной версии JDK.
Запускаем PhpStorm 9.0 на Oracle JDK 8 в Docker.
Создаем Dockerfile
FROM nimmis/java:oracle-8-jdk
ADD http://download.jetbrains.com/webide/PhpStorm-9.0.tar.gz /opt/PhpStorm-9.0.tar.gz
RUN tar xvf /opt/PhpStorm-9.0.tar.gz -C /opt/
RUN rm -fv /opt/PhpStorm-9.0.tar.gz
RUN apt-get update && apt-get install -y php5-cli x11-utils
# Replace 1000 with your user / group id
RUN export uid=1000 gid=1000 && \
mkdir -p /home/developer && \
echo "developer:x:${uid}:${gid}:Developer,,,:/home/developer:/bin/bash" >> /etc/passwd && \
echo "developer:x:${uid}:" >> /etc/group && \
echo "developer ALL=(ALL) NOPASSWD: ALL" > /etc/sudoers.d/developer && \
chmod 0440 /etc/sudoers.d/developer && \
chown ${uid}:${gid} -R /home/developer
USER developer
ENV HOME /home/developer
CMD /opt/PhpStorm-141.1912/bin/phpstorm.sh
Запускаем билд
docker build -t phpstorm .
Запускаем PHPstorm
docker run -ti --rm -e DISPLAY=$DISPLAY -v /tmp/.X11-unix:/tmp/.X11-unix phpstorm