Для того чтобы исключить из резервной копии некоторые директории можно подредактировать файл backup.conf
В некоторых случаях панель ISPmanager может зависнуть, но при этом доступ на сервер по SSH продолжает работать. Тогда можно рестартнуть панель без перезагрузки сервера.